入汛以来，我国气候异常复杂，不仅入汛早、强降雨过程多，而且强对流天气重发多发，造成较为严重的灾害。国家防总、水利部等组织各地全力进行抢险救灾，最大限度减少灾害损失。
中国气象局局长郑国光表示，入汛以来，全国平均降水量比常年同期偏多23%，为1954年以来同期最多。国家防汛抗旱总指挥部秘书长、水利部副部长刘宁介绍，受降雨影响，今年南方超警河流多，江河水位高。入汛以来，包括湖北、江西、湖南、江苏、广西、贵州等省份在内的全国222条河流发生超警洪水，洪水总量较常年偏多34%。值得一提的是，6月30日至7月1日，重庆、湖北、江苏、贵州等地出现强降雨。受上游降雨影响，1日14时，三峡入库流量达到5万立方米每秒，长江2016年1号洪水正式形成。
造成近期我国气候异常的主要推手是自2014年9月开始、于2016年5月结束的超强厄尔尼诺事件。据监测，此次超强厄尔尼诺事件共持续21个月，持续时间之长、峰值强度之高、海温累积距平之大，均为有完整气象观测记录以来之最。不过专家表示，虽然今年我国夏季洪涝灾害较常年明显偏重，但其程度弱于1998年。
面对汛情，国家防总加强会商研判，快速应急反应，先后发出52个通知、派出117个工作组，2次启动防汛Ⅳ级应急响应。国家防总、水利部组织各地全面排查防洪风险隐患，并全力做好抢险救灾工作。中国军队和武警部队纷纷投入抗洪抢险一线。初步统计，今年以来各地累计投入抢险人员61万多人、机械设备3万多台套，消耗防汛物资3.3亿元;中央财政安排特大防汛抗旱补助费11.65亿元，支持地方防灾减灾。面对湖北暴雨引发的灾害，民政部紧急调运1000顶帐篷、1万床棉被、1000张折叠床，支持湖北的抗灾救灾工作。中国气象局强化气象灾害监测和预报预测预警，加强气象预报预警信息发布和与涉灾部门的合作和应急联动。
各地各级政府也相继启动救灾应急响应，大批食物、水、棉被、帐篷等救灾物资被送往灾区，交到灾民手中。
在广西，自治区防汛抗旱指挥部已启动自治区洪涝灾害Ⅳ级应急响应。7月4日，自治区水利厅派出4个工作组赶赴柳州、桂林、防城港、钦州等地指导防汛抗洪抢险工作。
在湖北，连续四轮的“疯狂梅雨”造成81个县市区受灾。陆军某舟桥旅、空军某师、海军工程大学、武汉军械士官学校等多支驻鄂部队和院校出动近万名官兵，投入抢险救援。公安消防部队出动车辆430台、舟艇140艘、官兵2300人次，抢救疏散和安全转移被困人员上万人。民间力量也在火速驰援。举水溃口现场，“感动中国”的长江救援队24名队员携带3条冲锋舟、1000箱饮用水驰援，救出84位受困群众。参加过汶川地震救援的云豹救援队也救出200余位受困群众。
